Penubuhan Kelab Rukun Negara telah diilhamkan dan disarankan oleh Tun Abdullah Hj. Ahmad Badawi, Perdana Menteri Malaysia yang kelima semasa merasmikan Sambutan Hari Perpaduan Peringkat Kebangsaan Tahun 2000 di Melaka. Selaras dengan saranan tersebut, Kementerian Pendidikan pada masa itu telah mengambil inisiatif untuk menubuhkan Kelab Rukun Negara (KRN) di sekolah-sekolah menengah seluruh negara. Inisiatif ini dilaksanakan melalui Surat Pekeliling Ikhtisas Bil. 17/2000 : Penubuhan Kelab Rukun Negara di Sekolah-sekolah bertarikh 16 November 2000 kepada semua Pengarah Pendidikan Negeri.
Atas tanggungjawab untuk memperkukuhkan semangat perpaduan di kalangan masyarakat melalui penghayatan dan pengamalan terhadap prinsip-prinsip Rukun Negara, Jabatan Perpaduan Negara dan Integrasi Nasional, Jabatan Perdana Menteri (JPNIN, JPM) telah menjalin kerjasama erat dengan Kementerian Pelajaran Malaysia serta Kementerian Pengajian Tinggi bagi memperluaskan penubuhan KRN di sekolah-sekolah dan Institusi Pengajian Tinggi (IPT) selaras dengan keputusan Mesyuarat Jemaah Menteri pada 11 Ogos 2004.
Sehubungan dengan itu, Majlis Pelancaran Kelab Rukun Negara Peringkat IPT telah diadakan pada 13 September 2005 iaitu bertempat di Universiti Kebangsaan Malaysia. JPNIN dengan kerjasama Jabatan Pengajian Tinggi dan Universiti Utara Malaysia telah mengambil inisiatif untuk menganjurkan Bengkel Pemantapan Hala Tuju Kelab Rukun Negara di IPT pada 28 hingga 30 Ogos 2008 bertempat di Universiti Utara Malaysia. Setelah pelaksanaan bengkel ini, Kelab Rukun Negara di IPT dijenamakan semula kepada Sekretariat Rukun Negara (SRN) dan kekal sehingga ke hari ini.
